L'opération du HCR au Burundi vient en aide aux demandeurs d'asile, réfugiés, déplacés interne et réfugiés burundais rapatriés. Près de 89 000 réfugiés et demandeurs d'asile sont enregistrés dans la base de données du HCR, qui assiste les réfugiés dont les deux tiers vivent dans des camps à l'Est du pays. Parallèlement, le HCR aide le gouvernement burundais à faciliter le rapatriement librement consenti des réfugiés burundais. Quelque 246 000 réfugiés ont été rapatriés depuis 2017. En collaboration avec d'autres acteurs humanitaires, le HCR soutient la protection des personnes déplacées à l'intérieur du Burundi.