Le HCR et ses partenaires ont facilité le rapatriement librement consenti des réfugiés burundais depuis 2017, la majorité étant de Tanzanie, et un plus petit nombre a aidé à rentrer du Rwanda, de la République démocratique du Congo (RDC), l'Ouganda et du Kenya. Jusqu'à récemment, presque tous les retours du Rwanda et de l'Ouganda étaient auto-organisés. Suite à la conclusion des élections au Burundi en mai 2020, un intérêt accru pour le retour volontaire a été exprimé par les réfugiés vivant dans plusieurs pays. Sur la base de consultations et d'évaluations tripartites visant à garantir le caractère volontaire du retour, le HCR a commencé à faciliter les retours du Rwanda en août 2020 et a recommencé les retours de RDC en septembre 2020. Des plans sont en cours pour lancer des retours facilités depuis la Namibie et éventuellement d'autres pays de l'Est et l'Afrique australe en 2021.